Bactrim é utilizado em casos de infecções causadas por germes sensíveis aos compostos do produto.

Bactrim não deve ser utilizado em pacientes com doença grave no fígado e no rim, quando não se puder determinar regularmente a concentração da droga no sangue.
Bactrim também está contra-indicado aos pacientes com alergia a sulfonamida ou a trimetoprima.
Bactrim não deve ser administrado a prematuros e recém-nascidos durante as primeiras 6 semanas de vida.
Bactrim não deve ser utilizado por pacientes com sérias alterações hematológicas (no sangue) nem a pacientes portadores de deficiência de G6PD (desidrogenase de glicose 6 fosfato), a não ser em casos de absoluta necessidade e em doses mínimas.
Bactrim não deve ser administrado em combinação com dofetilida (vide item Interações medicamentosas).